元代的色目人，是指入居中国的东起唐兀、畏吾儿，西迄东欧地区的诸族。据陶宗仪在《辍耕录》中所举色目人31种，畏兀儿和回回都在其中。宋代末期，随着蒙古的兴起及强盛，成吉思汗率兵西征，先后征服今新疆以及中亚和西亚一带信奉伊斯兰教的各族，并在这些民族中实行签军，回回人和畏吾儿人是其中的重要成分。从军至中国内地的，还有民族上层和被俘虏的工匠，随着东西方交通大开，色目商人到中国来经商的也很多。总之，这个时期西域的色目人，通过各种途径到中原来的不少，西南是蒙古人包抄南宋的战略要地，对西南进行征讨的蒙古军队中就有数量不少的色目将士。据《元史》所载，随忽必烈征大理的将领中，班都察、叶仙鼐、月举连赤海牙、八丹都是色目人。至于一般士兵当然更多。随着元朝势力在西南地区的深入，进入西南地区的色目人越来越多。首任云南行省平章政事赛典赤赡思丁便是回回人。他和其子纳速刺丁、忽辛等都为云南做了不少好事，其子孙多留居云南。从最近发现的《赛典赤家谱》可知，赡思丁有5子23孙，是云南回族赛、纳、哈、沙、丁、速、忽、闪、撒、金诸姓之祖，马姓回族也有一部分为赡思丁的后裔。通海和玉溪的纳姓回族，多为赛典赤长子纳速刺丁之后，而滇西、滇中地区的相当一部分回族亦为同一族源。
除了赛典赤家族及随从的部属落籍云南外，色目军队也不断被签发到西南。色目将领爱鲁、也罕的斤、怯烈等屡次率兵勘定亦奚不薛、金齿、蒲骠（在今云南保山县境内）等地。脱力世官、阿里海牙等曾以兵征讨罗罗斯、八番、罗甸等部。
至元二十二年，遣雪雪的斤领畏兀儿户1000戍合刺章。至大元年，令居荆襄的云南畏兀儿军1000人归云南。
其次，元朝派往缅甸、八百媳妇、交趾的军队中，也有不少色目士兵，其中一些也因各种原因落籍西南。在镇压水西土官宋隆济、蛇节领导的当地民族起义的战事中，溃败之余，部分兵士流落西南地区，其中就有色目人。此外，忽必烈征大理时，曾在蒙化（在今云南巍山县）设立了一批回回军的屯营,这与《蒙化府志》所说“（回回）本西域回回国之遗种，元世祖掠徙至滇，因占籍入蒙，”的记载相吻合，又据剑川沙溪南坡头村马氏清代墓碑，碑文谓马氏系色目人，元初随忽必烈征大理而留居剑川，后任弥沙土巡检。这些都是元代色目军士落籍云南之证。元代受遣到云南屯田的军人也有一部分是色目人。史载：延佑三年，发畏吾儿军和新附汉军到云南乌蒙屯田镇遏，共为户军5000人，为田1250顷。还有一些色目商人与百姓也到了西南。世祖时，马可波罗奉诏使缅，途经押赤城（在今昆明市）,他看到城中有多种居民杂居，其中有回教徒、偶像教徒和聂斯脱里派基督教徒。回教徒即伊斯兰教徒，当是色目人。
各地大都有色目人进入，只是人数多寡不一而已。迁入的色目人与内地同一民族建立了密切的联系，本身也发生了很大的变化。一部分色目人被本土民族融合，而以回回为主的另一部分色目人，则在大量吸收汉族和其他民族人口的基础上，发展为一个新的民族——回族，西南地区的色目人亦不例外，他们为开发祖国的西南边疆作出了自己的贡献。
