荷兰东印度公司的兴起标志着欧洲列强对东印度群岛贸易的竞争。然而，后马打蓝王国的抵抗力量成为了荷兰东印度公司最大的阻碍之一。自1613年至1646年，苏丹阿贡坚决实行大米禁运，对抗荷兰和葡萄牙。荷兰企图离间后马打蓝和万丹王国的关系，但苏丹阿贡始终奋力抵抗，将整个爪哇几乎统一在他的旗下。然而，他过度的军事扩张政策导致王国逐渐衰落，尽管在1625年至1627年期间，苏丹阿贡的权力达到巅峰。
随着时间的推移，爪哇化的伊斯兰教开始在后马打蓝王国传播开来。苏丹阿贡试图效仿爪哇传说中古代帝王的统治方式，并宣布采用混合爪哇和伊斯兰教历法。然而，1740年的“红溪惨案”引发了一场华人和当地人的联合反荷斗争，巴固普沃诺二世决定派兵支持抗荷力量。但马都拉岛统治者与荷兰合作，屠杀当地华侨并镇压东爪哇的起义队伍。面对这种局势，巴固普沃诺二世不得不向荷兰让渡了爪哇岛北部沿岸的一片地带。1745年，旧都卡尔塔苏拉在战火中被毁，巴固普沃诺二世在旧都南部的苏拉卡尔塔（今梭罗）建立了新王宫。
1746年，巴固普沃诺二世的弟弟芒库布米亲王发动叛乱。1749年，巴固普沃诺二世去世，他的儿子巴固普沃诺三世继位，同日，芒库布米亲王也在日惹宣布成为苏丹。1750年，芒库布米亲王进攻苏拉卡尔塔，荷兰东印度公司担心内战扩大，决定与芒库布米进行谈判。1755年2月13日，芒库布米、巴固普沃诺三世和荷兰东印度公司签署了《吉严提协议》，将后马打蓝王国分裂成梭罗和日惹两个王国。芒库布米成为哈孟古布沃诺一世。
后马打蓝王国一分为二后，玛斯·赛义德亲王继续与日惹苏丹国、梭罗苏丹国和荷兰东印度公司进行抗争。东印度公司要求梭罗王室与玛斯·赛义德和谈。1757年，玛斯·赛义德与梭罗王室签署了《沙拉迪加协议》，将梭罗王国东部的部分土地分割给了玛斯·赛义德。玛斯·赛义德建立了王国，并被授予芒古尼加拉一世的称号。自此，后马打蓝王国在中爪哇的局势一直维持到1946年。
1682年，荷兰人将万丹国变成了公司的傀儡国，爪哇地方领主不再对公司构成威胁，爪哇人的海上贸易也不再显著。荷兰东印度公司逐渐控制了巴达维亚、万丹、泗水、乌戎潘当、万鸦老和马六甲等重要港口，形成了对香料、纺织品和鸦片的半有效出口垄断。1659年，公司拥有51艘船，其中17艘吨位在1000吨以上。1602年到1610年，公司年平均利润达32.5%，而到了1650年则激增到500%。公司股息也不断增加，年均达到18%。从1602年到1782年，公司共发给股东利息2.32亿盾，相当于股本的36倍。
1800年，荷兰东印度公司宣布破产，荷兰政府接管了公司资产和海外属地，成立了“荷印政府”。在荷印政府的统治下，荷兰殖民地的防御设施得到了加强，但也出现了严重的腐败问题。1795年，荷兰国王威廉五世逃往英国，1811年，英军占领了巴达维亚。莱佛士作为副总督管理荷属东印度殖民地，他废除了奴隶贸易，宣布土地国有，改革了行政制度和司法制度，并对文物古迹进行了保护。
在荷印政府重新获得东印度群岛管理权后，他们在19世纪30年代到60年代恢复了强迫种植经济政策和实物地税的税收政策。在强迫种植制度的影响下，爪哇岛经历了1843年至1848年的饥荒。荷印政府在1830年至1870年期间通过强迫种植咖啡和糖来获取巨额税收。在社会管理方面，荷印政府与传统精英形成了共生关系，同时逐渐削弱地方领主的权力，建立了直接统治的官僚机构。在荷印政府的统治下，伊斯兰教仍然是传播最快的宗教，而荷印政府也为东印度群岛的移民提供了发展空间。
荷兰政府在巴厘岛也逐渐扩大了影响力，通过签订协议、干预内政和武力手段，最终实现了对巴厘岛的控制。1906年，荷兰占领登巴刹，并实施了道义政策，从20世纪20年代末期开始放宽了对巴厘岛的控制，并支持当地领主的统治。尽管荷兰政府进行了一系列改革措施，但在巴厘岛的种姓制度问题上，仍然存在向上流动难和婚姻不自由等社会问题。
